פעילות מימון הטרור הינה פעילות חוצת גבולות מתוך מטרה לשנע משאבים אל ומגבולות המדינה לצרכי מימון פעילות טרור.
המט"ל פועל בתיאום עם גורמים רלוונטיים בארץ, וכן גופים עמיתים בחו"ל במטרה לאתר ולסכל פעילות מימון טרור.
המט"ל מבצע, בין היתר, תדרוכים שוטפים לעמיתים בחו"ל בנוגע להכרזות וצווי תפיסה החתומים ע"י שר הבטחון במטרה לוודא כי המערכת הפיננסית הבינ"ל מכירה ומודעת לסיכונים הכרוכים בפעילות מול גורמים אלו המנצלים לרעה את המערכת הפיננסית הבינ"ל.
פעילותו של המט"ל עולה בקנה אחד עם המלצות ארגון ה-FATF (Financial Action Task Force).